微生物部主要承擔中藥的微生物參數檢測，可開展中藥註冊檢驗、監督檢驗、仲裁檢驗、應急檢驗等工作，目前，實驗室已獲得CNAS認可的微生物參數共2項，可進行微生物限度及控制菌檢查(包括需氧菌總數、霉菌和酵母菌總數、金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、沙門菌、大腸埃希菌及耐膽鹽革蘭陰性菌)。

微生物部現有檢測人員3人，均為碩士學歷，是一支年輕、具有一定專業水準的隊伍。部門共有9間實驗室，微生物實驗區擁有二級生物安全實驗室（P2）、無菌室、培養間、準備間及洗滌滅菌間等；分子實驗區設有試劑準備間、樣品製備間、產物擴增間及分析區等。

實驗室共配備種類齊全的設備設施113台，其中大型精密儀器：全自動微生物鑒定及藥敏分析系統、自動化核酸提取儀、聚合酶連鎖反應儀、螢光定量PCR儀器、高壓滅菌爐、生物顯微鏡等。實驗室採用了“單向流系統”的環境管理模式以及對潔淨度進行嚴格監控，確保檢測結果的可靠性。