理化部主要為中藥提供理化檢測和制訂質量標準，可開展中藥註冊檢驗、監督檢驗、仲裁檢驗、應急檢驗等工作。目前，實驗室已獲得CNAS認可的理化參數共116項，基本具備中國藥典對中藥及其制劑的各項檢測能力，包括鑒別、檢查、含量測定、農藥殘留、重金屬及有害元素、真菌毒素、二氧化硫殘留量等。

理化部現有檢測人員6人，其中具有博士學位的2人， 碩士學位的4人，是一支年輕且具有高專業水準的隊伍。部門共設有液相實驗室、液質實驗室、氣相/氣質室、性狀及顯微鑒別實驗室、光譜實驗室、薄層色譜室等22個實驗室。實驗室共配備儀器約290台，其中大型精密儀器主要包括：超高效液相色譜-Orbitrap高分辨質譜聯用儀、超高效液相色譜-三重四極杆質譜聯用儀、氣相色譜-三重四極杆質譜聯用儀、電感耦合等離子體質譜儀、超高效液相色譜儀、氣相色譜儀、薄層色譜系統、毛細管電泳系統等。